В зеленых зонах регулярно проводятся охранные мероприятия, направленные на защиту местной флоры и фауны. В частности, для утят создаются специальные условия. Если в парке отсутствует естественная береговая линия для удобного выхода птенцов на берег, на водоемах устанавливаются пологие помосты. В 2023 году в столице было 47 прудов, удобных для пернатых, а в 2024 году их число увеличится до 63.

Природные парки Москвы отличаются разнообразием обитающих видов. Здесь можно встретить более трех тысяч видов животных, включая ласок, ежей, зайцев, бобров, лис и ондатр. Среди уникальных для мегаполиса животных выделяется куница. Птицы также представлены в широком ассортименте: от привычных голубей и воробьев до редких краснокнижных видов, таких как совы, синицы ополовники и ястребы-тетеревятники. В природно-историческом парке «Москворецкий» часто можно увидеть хохлатую чернеть, чомгу и лысуху — редкие гнездящиеся виды, занесенные в Красную книгу города.

Для любителей взаимодействовать с природой в парках установлены специальные аппараты, где можно приобрести корм для животных и птиц. Однако биологи Департамента природопользования и охраны окружающей среды предостерегают от подкармливания пернатых в летний период без необходимости, так как это может навредить им, лишая их природных инстинктов и способности самостоятельно находить пищу.

В столичных парках регулярно проводятся охранные мероприятия. Например, в Парке Горького действует программа по экоразвитию, в рамках которой зоологи и орнитологи следят за состоянием живой природы, обновляют кормушки и создают искусственные убежища для птиц. На Воробьевых горах оборудованы ремизы — труднодоступные участки, где созданы благоприятные условия для гнездования животных и питания насекомых. В зоне отдыха «Терлецкая дубрава» проводятся экскурсии и лекции, посвященные мерам по сохранению разнообразия птиц.

Особое внимание уделяется охране редких видов растений. В национальном парке «Лосиный Остров» произрастают такие редкие виды, как медуница неясная и колокольчик жестковолосистый. Всего в Красную книгу Москвы занесены 573 редких вида растений, животных и грибов.

Проект «Парки Москвы» направлен на сохранение уникальных ландшафтов и экосистемы, а также на создание комфортных зон отдыха для жителей и гостей столицы. В рамках инициативы развиваются инфраструктура и оборудование для активного отдыха, включая велодорожки, спортивные площадки и детские городки.

Одной из приоритетных задач Департамента природопользования и охраны окружающей среды является помощь диким животным, оказавшимся в сложной ситуации. В случае встречи с ранеными или нуждающимися в помощи зверями и птицами необходимо незамедлительно сообщить в единую справочную службу Правительства Москвы. Информацию о нестандартных ситуациях можно также отправить через портал «Наш город».