Его научная и практическая деятельность является важной составляющей федерального проекта по обеспечению биобезопасности и санитарно-эпидемиологического благополучия населения нашей страны – «Санитарный щит».

Сегодня на базе Института функционируют: Центр геномных исследований мирового уровня по обеспечению биологической безопасности и технологической независимости, Научный центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Научно-методический центр иммунопрофилактики, 11 Всероссийских референс-центров, 4 проблемные комиссии ученого совета Роспотребнадзора, 17 научно-исследовательских лабораторий и 8 научных групп. Коллектив – 8 действительных членов РАН, более 180 докторов и кандидатов наук, 6 лауреатов Государственных премий, 24 лауреата премий Правительства РФ и г. Москвы. 56 % сотрудников – молодые ученые. Научная школа является одной из ведущих в РФ.

Во время пандемии COVID-19 Институт стал флагманом в его изучении. Были оперативно разработаны 5 диагностических тест-систем, в том числе технология, позволяющая обнаружить коронавирус при минимальных концентрациях и выявлять инфекцию на ранних стадиях. Наборы реагентов для выявления инфекции были поставлены в более чем 40 стран мира.

В рамках федерального проекта «Санитарный щит» коллективом Института разработана первая в России Национальная база данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 (VGARus). Она помогает своевременно и детально отслеживать генетическую изменчивость коронавируса, прогнозировать заболеваемость и принимать своевременные решения об организации профилактических мероприятий. В 2023 году за эту разработку Институт получил Премию Призвание.

С привлечением учебной базы Института проходят обучение специалисты из стран Ассоциации государств Юго-Восточной Азии (ASEAN) в области использования современных молекулярно-генетических технологий для обеспечения биологической безопасности населения. ВОЗ и UNICEF активно используют лабораторную базу Института для проведения в России обучающих курсов в области молекулярной диагностики.

ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора осуществляет плодотворное международное сотрудничество со странами Восточной Европы, Закавказья и Центральной Азии в области противодействия распространению антибиотикорезистентности бактерий в пищевой продукции, с Республикой Гвинея и Социалистической Республикой Вьетнам в борьбе с особо опасными и природно-очаговыми болезнями, оказывает научно-практическую помощь зарубежным странам в области эпидемиологии, диагностики, лечения и профилактики COVID-19. Институт ведет активную совместную работу со структурами ООН и ВОЗ в области профилактики ВИЧ/СПИД в странах Восточной Европы и Центральной Азии.

В рамках борьбы с распространением антибиотикорезистентности микроорганизмов в пищевых продуктах Институт продолжает тесное сотрудничество с Продовольственной и Сельскохозяйственной организацией (FAO) ООН и Всемирным банком, участвует в мероприятиях по укреплению национальных лабораторий стран ВЕЦА.

Сегодня Институт является крупнейшим в России высокотехнологичным импортозамещающим предприятием по производству наборов реагентов и тест-систем для диагностики инфекционных болезней. Его история берет начало с 1963 года, сотрудники Института принимали участие в ликвидации практически всех эпидемий и вспышек опасных инфекций на территории нашей страны, СНГ, Азии и Африки. Именно ученые Института выявили первых в СССР больных ВИЧ-инфекцией и СПИДом и первыми сообщили об опасности распространения этой инфекции, а в 1989 году принимали участие в локализации внутрибольничной вспышки ВИЧ-инфекции в Элисте.